Entiendo por transversalidad un concepto más de índole política que implica incluir el enfoque de género en todas las políticas publicas y a todos los niveles, atendiendo a las desigualdades derivadas del sistema sexo-género.
Por su parte, el concepto de interseccionalidad responde más a una realidad social (o eso creo) y va un paso más allá teniendo en cuenta los diferentes sistemas de opresión (no solo el género) y que interactúan en la realidad de cada persona (no solo en mujeres).
Ambos conceptos me parecen compatibles.